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申請自主學習課程學生於期末發表成果。照片提供：清華大學通識教育中心。
同學舉手提問。照片提供：清華大學通識教育中心。
教師給予建議。照片提供：清華大學通識教育中心。
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以理工見長的清大學生規劃的自主學習課程甚少理工範疇，反而是國際政治、在地連結、環保議題等人文社會的實踐，如「印度太平洋戰略下的國際情勢發展」、「新竹市低底盤公車友善現況調查與改進方案建議」等，不同領域的課程也可看出學生關心的議題取向。課程學生組成多元，多為跨系、跨年級的團隊組合；通識教育中心主任翁曉玲表示，不少選擇自主學習課程的學生都曾一起修過特定課程，對該議題興趣濃厚，進而提出自主學習課程的規劃。
申請自主學習課程的學生需於前一學期提出計畫書，經課程委員會審核通過後取得修課資格，課程指導老師可由學生自行徵詢或由通識中心協助安排，指導老師需定期與學生共同討論並審視計畫，並持續追蹤課程進度，適時給予協助以確保學生最後能產出具體的成果；通識中心也會再委託另一位輔導老師監督初始的計劃書、期末成績評量等行政事宜。學生完成所規劃之學習歷程並提交成果報告，經課程委員會審核通過後可獲得通識選修兩學分。
「自己run課程比聽老師上課還要辛苦很多。」翁曉玲坦言，學生需自主規劃課程、尋找適合的指導老師，從建立團隊共識、解決與原理想計畫不符的困難、到最後產出期末成果發表，相較一般由教師規劃課綱的課程，申請自主學習課程的學生在過程中會遭遇不少困難，也有人中途放棄或期末成果不及格，但完成課程的學生都印象深刻，也有人表示兩學分太少。課程從親身執行、實作、堅持到底、產出成果，這是修課學生認為最有收穫的獨特經驗。
