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東海博雅書院生介紹自主管理的藏書。攝影：紀玟伶。
 東海博雅書院生自主籌辦活動學習書法。攝影：紀玟伶。
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書院的課程規劃包括知識面和實踐面，需完成中文、外國語等四大課程，並參與一定時數的演講、完成六藝課程及生活學習、達成200小時的服務學習，才能取得階段性結業，大三則進入APL自主方案學習。
前四年有約三到四成的院生在大二下學期結束時取得階段性結業，第五年開始至今則有近五成的達成率。東海博雅書院書院長卓逸民強調，書院畢業生需達到一定程度的專業水準，因此不會降低標準以衝高畢業率，但希望能鼓勵及幫助更多學生達到標準。
卓逸民分析，書院畢業率不高的主因，是校方並未規劃專門的宿舍區域，院生缺乏住宿學習和生活學習的場所。院生僅第一年保障住宿，第二年開始需要擔任志工等累積足夠的服務點數，才能繼續留在學校宿舍，且無法集中住宿；而部分院生則在大二、大三課業繁重時，因缺乏共同支持的團體，無法得到同儕支持而離開。書院希望透過建立共同的住宿學習場域，提升院生彼此扶持、支持的團體感，進而使畢業率提高，這也是書院八年來一直努力達成的目標。
此外，維持書院制度最重要的因素，就是給予院生知識及陪伴的教授群。為了讓教授有彼此溝通、交流的機會，書院至今已舉辦超過160場導師共學成長活動，更邀請超過50個國內外團體來訪，共同討論設計符合學生學習的課程，藉由不斷精進、修改課程內容，帶領出一屆一屆優秀的院生。